Osobní železniční doprava je provozována společností České dráhy, a.s. v rámci Pražského integrovaného systému. Územím města Libčice nad Vltavou prochází frekventovaná trasa Praha – Libčice nad Vltavou – Kralupy nad Vltavou – Lovosice – Ústí nad Labem – Děčín. Ve městě jsou dvě zastávky, a to železniční stanice Libčice n. Vlt. a železniční zastávku Libčice n. Vlt.–Letky. Železniční spojení Libčic nad Vltavou s Prahou, resp. Ústí nad Labem je zajištěno osobními vlaky na lince S4 a U4. Od konce roku 2016 byla trať posílena, osobní vlaky zde jezdí ve třicetiminutových intervalech. Všechny železniční tratě spadají do integrovaného dopravního systému PID, ve kterém je možno využívat jak osobní vlaky, tak i většinu rychlíků. Vlaky s označením „EC“, „rychlík“ městem pouze projíždějí, a proto je nutná kombinace s osobními vlaky, které ve městě zastavují.