Osobní železniční doprava je provozována společností České dráhy, a.s. v rámci Pražského integrovaného systému. Územím města Libčice nad Vltavou prochází frekventovaná trasa Praha – Libčice nad Vltavou – Kralupy nad Vltavou – Lovosice – Ústí nad Labem – Děčín. Ve městě jsou dvě zastávky, a to železniční stanice Libčice n. Vlt. a železniční zastávku Libčice n. Vlt.–Letky. Železniční spojení Libčic nad Vltavou s Prahou, resp. Ústí nad Labem je zajištěno osobními vlaky na lince S4 a U4. Od konce roku 2016 byla trať posílena, osobní vlaky zde jezdí ve třicetiminutových intervalech. Všechny železniční tratě spadají do integrovaného dopravního systému PID, ve kterém je možno využívat jak osobní vlaky, tak i většinu rychlíků. Vlaky s označením „EC“, „rychlík“ městem pouze projíždějí, a proto je nutná kombinace s osobními vlaky, které ve městě zastavují.
Pražská integrovaná doprava provozuje autobusovou linku 858 na trase Libčice – Holubice – Zákolany – Koleč – Slaný. Autobusy jezdí pouze v pracovní dny a umožňují přestup na linku č. 316 ve směru Praha-Bořislavka.
Přes Libčice nad Vltavou neprojíždí žádná dálková autobusová linka. Veřejnou autobusovou dopravu zajišťují autobusové linky od soukromých dopravců. Ve veřejné autobusové dopravě platí smluvní přepravní podmínky a tarif Pražské integrované dopravy.
Přívoz Libčice - Dol
Osobní přívoz mezi Libčicemi nad Vltavou a Dolem u Máslovic provozuje Výzkumný ústav včelařský. Město na jeho provoz přispívá.
Přívoz jezdí přibližně v půlhodinových intervalech a cesta trvá zhruba 3 minuty. Při průtoku větším než 400 m3/s a silném větru je přívoz pro veřejnost UZAVŘEN.